1918 - Bulla papieska Benedykta XV "Comissum humilitati nostrae", wskrzesza po zaborach Diecezję Janowską czyli Podlaską, a jej nowy Biskup - Henryk Przeździecki powołuje do istnienia Muzeum Diecezjalne. Jego pierwszym organizatorem jest ks. Karol Dębiński, doktor Akademii Duchownej w Petersburgu i profesor tej uczelni (przed rewolucją sowiecką), oficjał Sądu Biskupiego w Janowie Podlaskim i w Siedlcach, wikariusz generalny Kurii, założyciel Liceum Biskupiego w Siedlcach.

1919 - Sporządzenie spisu eksponatów Muzeum dla potrzeb Rządu Rzeczypospolitej (zachował się spis monet i krótkie wzmianki o niektórych eksponatach).
 
1920 - Do zbiorów Muzeum dołączają "tkaniny wschodnie", przedmioty z wykopalisk przedchrześcijańskich, szaty liturgiczne (m.in. tzw. "aparaty radziwiłłowskie"). Muzeum  odwiedza ks. kardynał A. Kakowski - Prymas Polski.
 
1922 - Przeniesienie zbiorów Muzeum do Siedlec i urządzenie ekspozycji w gmachu Kurii. Do zbiorów zostają dołączone pamiątki pounickie.

1924 - Dekret biskupa podlaskiego zezwalający na dołączenie do zbiorów wycofanych z kultu obrazów i przedmiotów liturgicznych z różnych parafii.
 
1928 - Wojewoda lubelski wpisuje zasoby Muzeum Diecezjalnego w Siedlcach na listę dóbr kultury, potwierdzając, że są własnością Diecezji Siedleckiej, czyli Podlaskiej.
 
1930 - Wzmianka o Muzeum Diecezjalnym w dokumentach Synodu Diecezjalnego zakończonego w Janowie Podlaskim 30 sierpnia. Muzeum zarządza w tym czasie Kapituła Katedralna i proboszcz katedry.
 
1939-1945 - Okupanci dokonują rozgrabienia zbiorów. Muzeum zostaje zlikwidowane. Część najbardziej wartościowych eksponatów ukrywa przed Niemcami ks. Jan Grabowski.
 
1973 - Konferencja Episkopatu Polski wydaje "Normy postępowania w sprawach sztuki kościelnej", zobowiązując biskupów do odtworzenia lub tworzenia muzeów diecezjalnych.

1974 - Biskup siedlecki Jan Mazur powołuje urząd przewodniczącego Diecezjalnej Komisji Artystyczno-Architektonicznej, obejmuje go biskup pomocniczy Wacław Skomorucha i  urząd Diecezjalnego Konserwatora Zabytków, którym zostaje ks.Tadeusz Kulik. Zadaniem tych urzędów było m.in. gromadzenie wycofanych z kultu obiektów sztuki, celem uratowania dóbr kultury przed dewastacją, rozproszeniem, bądź alienacją.
 
1974-1991 - Poddano konserwacji 125 najbardziej wartościowych obrazów na deskach i płótnie, rzeźb drewnianych, rękopisów i tkanin. Prace te wykonali fachowcy z PKZ i prywatnych warsztatów konserwatorskich z Warszawy, Torunia, Krakowa, Gdańska i Siedlec.
 
1991 - Objęcie nowej siedziby Muzeum Diecezjalnego w Siedlcach przy ul. Bpa I. Świrskiego 56, początek prac adaptacyjnych i przenoszenia zbiorów.
 
1992-1999 - W przyszłych salach wystawowych zostają wykonane parkiety lub posadzki, mocowania do zawieszania obrazów. Uszlachetniono zewnętrzną fakturę ścian i drzwi wejściowych, założono kraty okienne i drzwi antywłamaniowe. Sporządzono gabloty wystawowe, postumenty i stelaże do ekspozycji rzeźb i szat.
 
2000 - W lutym tego roku umiera organizator powojennego Muzeum Diecezjalnego ks. Tadeusz Kulik. W dniu 1 marca 2000 r. Biskup siedlecki Jan Wiktor Nowak wydaje dekret erygujący Muzeum Diecezjalne. Na pierwszego dyrektora Muzeum powołuje historyka sztuki ks. Henryka Drozda. Przekazanie spisu inwentarza i kluczy do Muzeum nastąpiło 26 marca, a 15 maja zakończono prace przy organizowaniu ekspozycji dzieł. 1 czerwca Muzeum zostaje udostępnione zwiedzającym. Kustoszem zostaje mgr historii sztuki Dorota Pikula.
 
2001-2003 - Muzeum odwiedza ponad 1300 grup (prawie 40.000 zwiedzających).
 
2004 - 15 października następuje uroczyste otwarcie ekspozycji obrazu El Greco "Ekstaza św. Franciszka".
 
2009 - 26 marca odwiedza Muzeum Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej Lech Kaczyński i wręcza Krzyże Oficerskie Orderu Odrodzenia Polski mgr Hannie Sygietyńskiej - Kwoczyńskiej i dr Izabelli Galickiej - Paniom, które ponad 40 lat temu znalazły obraz obraz El Greco na Podlasiu i które całym swoim życiem wniosły ogromny wkład w gromadzenie dóbr kultury w Polsce.
 
2009 - 12 października zostaje zorganizowana uroczysta konferencja naukowa poświęcona 5 rocznicy odsłonięcia obrazu pt. Wokół mistycyzmu w sztuce. W piątą rocznicę publicznej prezentacji obrazu El Greco "Ekstaza św. Franciszka".

          - 15 października ks. bp. Zbigniew Kiernikowski dziękuje ks. kan. Henrykowi Drozdowi za trud otwarcia i funkcjonowania Muzeum, a nowym dyrektorem mianuje ks. dra Roberta Mirończuka - historyka sztuki.